生于大海，守护大海，去往大海——
那就是蓝色人鱼！
憧憬着守护海洋安全的职业“蓝色人鱼”进入横须贺女子海洋学校的岬明乃，被任命为航洋舰“晴风”的舰长，和同班的成员一同参加海洋实习。
本应是驱动舰船前往目的地的安全航海，但等待着她们的却是接连不断的危机。来自教员舰突然的发炮、与失控的其他学生舰的战斗、救难船的救护活动等等，她们历经千辛万苦地跨越了这种种困难，终于平安返回陆地，成员之间也由此结下了牢固的牵绊。
骚动后过了1个月，正在享受考试假期的晴风成员遭遇了新的危机——晴风班将面临解体。晴风成员在大为动摇的同时，再度团结一致，最终阻止了班级的解体，更进一步加深了牵绊。
之后，晴风解体危机之后3个月——
在横须贺举办了包括吴、舞鹤、佐世保在内的全体女子海洋学校学生齐聚一堂、开展文化祭与体育祭的“竞斗游戏会”，明乃等晴风班成员也为了准备欢迎祭而忙成一团。
大和、信浓、纪伊等超大型舰的班级也都前来集会，就在各种各样的演出与竞技正火热的时候，新的“危机”正向她们逼近……！